eDNA、metabarcoding、功能基因多样性测序
传统植物鉴定多基于形态学分类，而近年来快速发展的DNA条形码快速鉴定技术被各界分类学家认可，在植物鉴定中也被广泛应用。
eDNA宏条形码技术越来越多地被应用于环境中物种检测，尤其是水体生态系统。
扩增子测序也被广泛应用于环境微生物的功能基因研究。在自然界的各类环境中，都有微生物的存在。有一些具有特殊功能的微生物，由于其作用的重要性或特殊性而受到人们的广泛关注，它们就叫做功能微生物，如固氮菌、反硝化菌、氨氧化细菌、甲烷氧化菌等。每种功能微生物在分类学上可能有很大不同，但却具有类似的基因使其能够发挥同样的功能，因此使这些功能细菌发挥这种特定功能的基因就称为功能基因，如nifH、nosZ、amoA、pmoA。
分析内容：
1.数据质控
reads过滤
tag拼接
Tag过滤
过滤数据统计
2.OTU聚类
OTU聚类及数据统计
OTU序列翻译为氨基酸序列
过滤统计
OTU聚类及数据统计
组间OTU比较韦恩图展示
3.物种组成分析
OTU物种注释
各样品在各分类水平上的序列数目统计
物种分类KRONA动态展示
各分类水平物种丰度堆叠图
各分类水平的物种丰度热图
各分类水平的物种丰度circos图
4. 指示物种分析
指示物种统计检验
物种富集三元图
指示物种LefSe分析
指示物种随机森林分析
5. alpha多样性分析
α多样性分析指数统计
各样本OTU稀释曲线
各样本Shannon稀释曲线分析
各样本rank abundance曲线分析
6. beta多样性分析
OTU二维及三维PCA分析
（un）weighted unifrac、Jaccard、Bray样本间距离指数计算
样本距离UPGMA聚类树
样本距离的PCoA分析
样本距离的NMDS分析