LncRNA/Small RNA/circle RNA 测序分析

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1、产品简介:

Small RNA 是一大类调控分子,包括:miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA 等,几乎存在于所有的生物体中。Small RNA 通过多种多样的作用途径,如mRNA 降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA 去除,来调控生物体的生长发育和疾病发生。Small RNA(sRNA)测序采用Illumina HiSeq 平台,可针对样本中的miRNA、siRNA、piRNA 展开全面分析,既能鉴定已知sRNA、也能预测新的sRNA 并预测sRNA 的靶基因,为研究smallRNA 功能及调控机制提供有力手段。


长链非编码RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)是一类长度超过200nt,不编码蛋白质的RNA分子。这类RNA分子在表观遗传水平、转录水平以及转录后等水平调控基因的表达,从而普遍参与动植物的各种生理学过程。此外,还证实LncRNA与ai症、心血管疾病、神经退行性疾病等多种人类疾病密切相关。目前,LncRNA已经取代miRNA成为近几年来耀眼的明星RNA分子,是国际上的研究热点。


circRNA是区别于传统线性RNA的一类新型RNA,具有闭合环状结构,大量存在于真核转录组中,数量多达十万种。circRNA对核酸酶不敏感,比线性RNA更为稳定,这使得circRNA在作为新型临床诊断标记物的开发应用上具有明显优势。目前筛选circRNA主要有两种途径,一是高通量测序,二是芯片检测。区别于芯片预制好的只能检测有限数量circRNA分子,高通量测序不仅通量大、信息准确,而且可以发现新的circRNA,是目前筛选circRNA有效、性价比高的方法。


2、分析内容:

2.1 SmallRNA测序:

    参考序列比对

    small RNA分类注释筛选并鉴定——鉴定已知的和新的sRNA

    碱基编辑分析——miRNA种子序列分析

    差异表达分析——样本间差异表达的sRNA

    靶基因预测——sRNA作用的靶基因信息

    差异 sRNA ——靶基因

    GO、KEGG富集——深入挖掘sRNA功能


2.2 lncRNA测序:

    lncRNA预测

    lncRNA分类

    差异LncRNA的筛选

    差异表达lncRNA靶基因富集

    lncRNA与mRNA差异表达交互式分析


2.3 cirRNA测序:

    原始数据质控检查

    比对结果质控检查

    基于circRNA表达的样品主成分分析

    circRNA预测及鉴定

    circRNA差异分析

    差异circRNA宿主基因的通路富集分析

    差异circRNA的靶向miRNA预测分析