1、细菌De novo测序

细菌基因组研究，是通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列，并对其进行结构和功能研究的方法。

细菌基因组测序生物信息分析

       1. 原始数据质量评估

       2. 基因组拼装组装

       3. KEGG、eggNOG、GO注释

       4. 系统发育树

       5. 基因家族分析

       6. 亚细胞定位

2、真菌De novo测序

真菌基因组测序是指基于高通量二代NGS或三代测序技术，获得真菌的全基因组序列后，利用生物信息学分析技术进行序列的基因预测及功能注释，可为研究真菌特有的生物学特征（致病机制，与宿主互作机制、代谢机制等）提供分子生物学基础；结合比较基因组分析，可为研究真菌间的性状变异、功能差异及遗传进化关系提供理论指导。真菌全基因组测序已经成为真菌基因组研究不可或缺的重要工具。

生物信息分析：

基因组组装，基因组组装及结果评估，组装获得高质量的基因组序列

基因组结构研究，编码基因预测多种预测途径，获得可靠编码基因信息

ncRNA预测预测，非编码RNA结构

重复序列分析，分析基因组重复序列结构

基因基本功能注释，常见功能数据库注释，(NR、GO、KOG、KEGG 、Pfam 、SwissProt、TCDB、CAZy)通过常见权威数据库解释编码基因功能

菌株致病相关研究，病原与宿主互作（PHI）、分泌蛋白、次级代谢产物基因簇、细胞色素P450、真菌毒力因子（DFVF）从胞外分泌、宿主互作等机制解释菌株致病性。