叶绿体/线粒体 基因组测序分析

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线粒体是细胞中制造能量的细胞器,叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器,因此线粒体与叶绿体都是细胞内进行能量转换的场所,两者均为半自主性细胞器,均具有自身的遗传物质和遗传体系。线粒体DNA(mtDNA)因独有的母系遗传模式和较高的突变频率, 已被广泛用于生物进化,群体结构,疾病诊断,法医等方面的研究。而叶绿体DNA(cpDNA)在揭示物种起源、生物进化及不同物种之间的亲缘关系等方面也具有很重要的作用。二代测序可以简便快速、高通量获得线粒体/叶绿体DNA 序列信息,因此动植物线粒体/叶绿体测序在进化生物学研究,疾病诊断和法医学领域都具有十分重要的应用价值。


生物信息分析

1、“挑选”叶绿体基因组测序reads


2、基因组的二代初步组装


3、contigs/scaffolds的定位和定向


4、基因组环化


5、填补gap


6、碱基校正


7、最终检查


8、调整起点


9、叶绿体注释