宏基因组/宏转录组 测序分析

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宏基因组测序(Metagenomics Sequencing)


宏基因组(Metagenomics)又称元基因组,或称环境基因组,是指同时被研究的整个微生物群落的DNA。宏基因组测序,是对特定环境样品中的微生物群体的基因组(尤其是那些种类众多的难于培养的微生物),进行序列测定。通过宏基因组测序可以进行功能基因的发掘,分析微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体的多样性与丰度,发掘和研究新的、具有特定功能的基因。目前宏基因组测序技术为微生物的研究和发展提供了很好的策略,在发现新基因,开发新的微生物活性物质,研究微生物种群结构、基因功能活性、微生物之间的相互协作关系以及微生物与环境之间的关系等方面得到广泛的应用。


生物信息分析:

1.去除宿主污染


2.去除接头序列


3.对序列进⾏进⼀步质控


4.对read进⾏进⼀步拼接(contig)


5.对contig进⾏orf预测


6.查找orf区翻译出来的氨基酸序列对应的蛋⽩质家族


7. 宏基因组binning分析